La Presidencia Ejecutiva ejerce las funciones de representación institucional tanto en el plano local como internacionalmente, siendo responsable de las relaciones públicas y alianzas estratégicas interinstitucionales al más alto nivel.
Se encarga de la supervisión general del cumplimiento de la misión de la Fundación Ciudad del Saber, e informa a la Junta Directiva y a la Junta de Síndicos de los avances en la ejecución de los planes estratégicos y de los resultados operativos.
La Vicepresidencia Ejecutiva es responsable de la supervisión del equipo de vicepresidentes y directores y de la gerencia de las operaciones de la Fundación Ciudad del Saber, estableciendo políticas para los procesos administrativos y operacionales de la entidad.
Da seguimiento al avance y la ejecución de los planes estratégicos de la institución, y garantiza que se den los cambios necesarios para alinear la organización con dicha planificación, velando por el cumplimiento de las metas y objetivos trazados.